La contamination fécale de l'eau et des aliments peut-être directe ou indirecte :

• Utilisation de matières fécales comme engrais
• Manipulation de nourriture avec des mains contaminées
• Matières fécales drainées par la pluie vers les points d'eau
• Arrosage de plantes avec de l'eau contaminée
• Transmission mécanique par des insectes ou des animaux